Zwierzęta wykorzystywane w badaniach naukowych utrzymywane są w specjalnie zaprojektowanych pomieszczeniach lub budynkach należących do hodowców, dostawców i użytkowników (uczelnie wyższe, firmy farmaceutyczne lub instytucje badawcze). W celu zapewnienia właściwych warunków życiowych wszystkim zwierzętom w ośrodku zapewnia się odpowiednie, dostosowane do gatunku warunki bytowe, wzbogacone środowisko, karmę, wodę i opiekę stosowną do ich potrzeb życiowych i wymagań zdrowotnych. Warunki te sprawdza się codziennie, a ich ewentualne ograniczenie powinno być sprowadzone do minimum i tylko wtedy, kiedy jest to konieczne.
Przed rozpoczęciem pracy ze zwierzętami, planowaniem i wykonywaniem procedur czy uśmiercaniem zwierząt, osoby wykonujące te zadania powinny zostać odpowiednio przeszkolone. Następnie mogą pracować tylko pod nadzorem bardziej doświadczonego personelu, dopóki nie osiągną odpowiedniego poziomu kompetencji. Instalacje i wyposażenie powinny być dostosowane do utrzymywanych gatunków i procedur wykonywanych w ośrodku. Powinny również odpowiadać standardom zapewniającym skuteczne wykonywanie procedur z minimalizacją szkód dla zwierząt oraz pozwalającym uzyskiwać wiarygodne wyniki naukowe z wykorzystaniem minimalnej liczby zwierząt.
Każdy hodowca, dostawca i użytkownik ma wyznaczonego lekarza weterynarii lub specjalistę w dziedzinie dobrostanu zwierząt oraz zespół do spraw dobrostanu zwierząt. Lekarz weterynarii lub specjalista do spraw dobrostanu doradzają w sprawach dobrostanu i leczenia zwierząt. Zespół do spraw dobrostanu jest ciałem nadrzędnym doradzającym w sprawach dobrostanu, pozyskiwania, opieki, utrzymywania i wykorzystywania zwierząt. Zespół do spraw dobrostanu śledzi również w jaki sposób prowadzone procedury wpływają na zwierzęta i doradza w sprawie stosowania zasady 3R (zastąpienia, ograniczenia i doskonalenia) w prowadzonych badaniach.

Odpowiednie instytucje w każdym kraju członkowskim UE (w Polsce Inspekcja Weterynaryjna) dokonują regularnych kontroli hodowców, dostawców, użytkowników i ich ośrodków. Część  inspekcji powinna być przeprowadzana bez uprzedzenia, a ich częstotliwość ustala się w zależności od gatunków wykorzystywanych zwierząt i prowadzonych projektów, ale powinny obejmować przynajmniej jedną trzecią użytkowników rocznie.