Wszystkie ośrodki wymagają autoryzacji. Osobno autoryzuje się hodowców, dostawców i użytkowników. Autoryzacji udziela się, lub ją przedłuża, tylko w przypadku spełnienia przez ośrodek wymagań Dyrektywy. Ośrodki muszą przestrzegać długiej listy ogólnych i specyficznych dla określonych gatunków wymagań określonych w załączniku do Dyrektywy.
Każdy projekt, w którym wykorzystuje się zwierzęta, musi uzyskać pozwolenie na przeprowadzenie przed jego rozpoczęciem. Wniosek o udzielenie pozwolenia musi zawierać opis projektu razem ze szczegółowym opisem procedur, tzw. streszczenie nietechniczne, napisane językiem zrozumiałym przez laika oraz szczegółowe uzasadnienie naukowe wyjaśniające, dlaczego w projekcie niezbędne jest wykorzystanie zwierząt. We wniosku należy wykazać uwzględnienie zasady 3R. Należy również uzasadnić liczbę zwierząt jakie będą wykorzystane i wskazać spodziewany poziom dotkliwości procedur dla zwierząt. Wniosek jest rozpatrywany na podstawie analizy “szkód i korzyści” przez odpowiedni organ (w Polsce przez Lokalne Komisje Etyczne do spraw Doświadczeń na Zwierzętach), który decyduje czy wydać zezwolenie, czy też nie.
Każdy kraj w UE ma odpowiedni organ krajowy (w Polsce Krajowa Komisja Etyczna i Lokalne Komisje Etyczne ds. Doświadczeń na Zwierzętach) odpowiedzialny za ochronę zwierząt wykorzystywanych do celów naukowych. Organ ten doradza odpowiednim władzom i zespołom do spraw dobrostanu w sprawach związanych z doświadczeniami na zwierzętach, w tym ich pozyskiwaniem, hodowlą, utrzymaniem, opieką i wykorzystaniem. Wszystkie organy krajowe wymieniają się na poziomie UE informacjami dotyczącymi dobrych praktyk i funkcjonowania zespołów do spraw dobrostanu.

Komisja Europejska i kraje członkowskie UE wpierają badania mające na celu opracowanie i potwierdzenie wiarygodności metod badawczych, w których nie używa się żywych zwierząt, oraz inne inicjatywy związane z wprowadzaniem zasad 3R (tzw. metody alternatywne). Metody te muszą dawać wyniki przynajmniej tak wiarygodne jak tradycyjne metody z wykorzystaniem zwierząt, jednak z użyciem mniejszej liczby zwierząt (lub w ogóle bez ich użycia) i/lub powinny być mniej dotkliwe dla zwierząt. Celem Połączonego Ośrodka Naukowego Unii Europejskiej jest opracowanie i walidacja metod, w których nie wykorzystuje się zwierząt, oraz działania w celu ich międzynarodowej akceptacji na poziomie naukowym i prawnym (np. w celu ich wykorzystania w badaniach bezpieczeństwa leków i substancji biobójczych).

Źródło: EARA, tłumaczenie: Krzysztof Wąsowicz.